In den folgenden Jahren spielte er beim Goslarer SC, wechselte aber nach nur einer Saison zum SV Ramlingen/Ehlershausen. Dieser Transfer war auf die guten Kontakte zu seinem Bruder Jamal Bounoua, ehemals Spieler und Trainer bei diesem Verein, zurückzuführen. Aber auch bounoua stieg mit dem Verein am Saisonende aus der Niedersachsenliga (damals 5 Liga) aus der Bezirksoberliga auf. Nachdem er in der Saison 2002/03 ohne Verein war, wechselte er zur Saison 2003/04 zum FC St. Pauli in die Regionalliga Nord, wo er Stammspieler wurde. Sein persönlicher Höhepunkt der Saison war wohl der 4:0-Sieg gegen die zweite Mannschaft des 1. FC Köln, in der er alle vier Tore erzielte. In der darauffolgenden Saison blieb er Stammspieler. Allerdings bekam er trotz guter Leistungen keinen Vertrag mehr, da sein Verein FC St. Pauli diese Schuld ausdrückte und sein Gehalt sparen wollte. Danach wechselte er zum Brinkumer SV in die viertklassige Oberliga Nord, mit dem er als Tabellenvierter abstieg. Deshalb verließ er den Verein, wechselte zum FC Oberneuland und erreichte am Ende der Saison 2006/07 einen hervorragenden dritten Platz in der Oberliga Nord.

Nach dem letzten Spieltag der La Liga, Fußballer Fedor Smolov ging in Barcelona, und es scheint, dass er geschmuggelt wurde und endete die Nacht in der Polizeistation. Der Spieler berichtete über den Raub einer teuren Uhr. Fandi pflegte ein gutes Verhältnis zum Verein und wurde 1999 von den Fans des FC Groningen zu einem der 25 besten Spieler des Vereins im 20. Jahrhundert gewählt. Nach nur einer halben Saison wechselte er schließlich wieder zum Verein und wechselte in die Bezirksliga (7. Liga) Germania Walsrode, wo er wieder mit seinem Bruder Jamal spielte. Zusammen mit seinem Bruder spielte er 2009 kurzzeitig beim Rotenburger SV in der Oberliga Niedersachsen. Nach dem Abstieg in die Bezirksoberliga verließen beide den Verein und wechselten im Laufe der Saison zum Bezirksligisten MTV Soltau, um die Liga zu sichern. Nach der Saison wechselten die Bounoua-Brüder immer wieder zu Germania Walsrode, wo sie jedoch meist in der zweiten Mannschaft eingesetzt werden sollten, die in der Bezirksliga spielt. Zusammen mit seinem Bruder Jamal wechselte er in die Winterpause des 11.

FC Rotenburger SV, der in der niedersächsischen Bezirksliga spielte. Es sollte diese helfen, als Spieler-Trainer der Mannschaft in die Liga zurückzukehren, was es tat, indem sie die Meisterschaft gewann. Im Februar 2012 übernahm Bounoua den Trainerjob bei den Reds Burgern von seinem Bruder. Im Sommer 2012 verließ er den RSV und plante eine Trainerlizenz. Der 23-Jährige, der für den Rest der A-League-Saison beim australischen Erstligisten Melbourne City unter Vertrag steht, ist der erste Singapurer, der in Australiens Top-Flug spielt, der sich wie der ehemalige Chelsea-Flügelspieler Damien Duff rühmt und andere Stars wie spanien-Stürmer David Villa hatte. Der wohl talentierteste Fußballer, den Singapur je hervorgebracht hat, war Fandi Ahmad als Teenager sehr begehrt und beeindruckte wie die niederländischen Giganten Ajax und boca Juniors.